Spelar genomets storlek någon roll?

Hur kommer det sig att vissa bakterier och arkéer är så framgångsrika? Kan det ha med genomets storlek att göra? Ju mindre desto mer effektivt säger en teori. I denna avhandling undersöks sambanden närmare.

Det finns en teori som säger att skälet till att vissa prokaryota arter i marina miljöer är så framgångsrika kan vara kopplat till deras kraftigt reducerade genom och deras minimala näringsbehov. Dock finns få studier som undersökt hur variationer i genomets storlek hos bakterier och arkéer hänger ihop med i ekologin och vad det innebär.

I denna avhandling undersöker Alejandro Rodríguez Gijón dessa samband för att få nya insikter och utforska hur vi kan använda information om genomstorlek för att förstå olika ekologiska mönster hos prokaryoter.

Han utforskar mönster av genomstorlekar i olika ekosystem, både mellan och inom olika vattenmiljöer. Resultat indikerar att prokaryoter som lever i vattenpelaren i det bräckta Östersjön och flera marina miljöer har mindre genomstorlekar än de som lever i pelagiska sötvatten. Dessutom observerades skillnader i genomstorlek också mellan bottenlevande och vattenlevande prokaryoter i Östersjön. I den andra delen av min avhandling fokuserade vi på sötvattensekosystem och utforskade kopplingen mellan prokaryota genomstorlekar och abundans, metabolism och förekomst.

Sammantaget kombinerar dessa projekt kraften i nyskapade metagenomiska data, med återanvändning av arkiverade data i offentliga databaser, för att tillhandahålla ny information om de ekologiska effekterna av variationer i genomstorlek i bakterier och arkéer.